妈祖有一个哥哥和五个姐姐。八岁时到一所私塾读书，老师所教文章她能很快融会贯通。十岁余，她信佛焚香念经，早晚不懈。十三岁时，有一位老道士玄通经常往来她家，对她说：“你具仙性，应得渡入正果。”于是授以“玄微秘法”。她依法修炼，均能领悟要旨。

妈祖十六岁时，与群女闲游，照妆于井中。忽见神人捧铜符一双，拥井而上，后有仙班簇拥着，把铜符授给她，女伴们都骇得跑开，妈祖则受之不疑，不一会便灵通变化。此后，她虽身在室中，却能时常神游方外，谈吉凶祸福，无不奇中。能驾云飞渡大海，拯救海难，还经常为人治病消灾，远近的人都很感激她，并称她为“神姑”、“龙女”。

妈祖16岁这年秋天九月，有一天，她的父与兄驾舟渡海北上，当时妈祖正在室中精心织布，忽然伏在织布机上闭起眼睛，脸色突变。一手抓梭，一手扶抒，两脚紧踏机轴，拼尽全力在挣扎扶持，惟恐有失。

其母发觉后，十分惊恐，急忙把她叫醒。妈祖于是失手将梭掉在地上。她睁开眼睛，顿足高声哭说：“我父得救，哥哥坠海死了！”其母听罢，十分惊慌，连忙差人打听消息。不一会儿有人来报，妈祖所言果然属实。当时其父在怒涛中，仓皇失措，几次将翻船，若似有人稳住其舵，与她哥哥的船靠近，无奈其兄已是舵摧舟覆了。当时妈祖闭着眼时，脚踏着的是父亲的船，而手抓的是兄船的舵，母亲把她叫醒，梭坠地，兄船舵摧倾覆了，父亲脱险返航，而其兄则被汹涌的浪涛所吞没。兄溺水后，妈祖陪着母亲、嫂嫂和几个村民一道驾船径往茫茫大海寻找哥哥的尸体去了。当时海水汹涌，他们突然发现一群水族聚集海面，大家不由得害怕起来。妈祖说，不要怕，并告诉水族不必迎接。突然水色变清，她哥哥的尸体已浮于海面。这时大家才知道是水神护尸来了。终于把兄尸载回，湄洲岛民无不称赞她孝顺和慈善。此后凡遇妈祖诞辰，半夜即有大鱼成群，环列于湄屿之前，好像拜舞的样子，黎明始散去。